菌落是指細菌在固體培養(yǎng)基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數(shù)以萬計相同的細菌集合而成。當樣品被稀釋到一定程度，與培養(yǎng)基混合，在一定培養(yǎng)條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。
菌落總數(shù)就是指在一定條件下(如需氧情況、營養(yǎng)條件、pH、培養(yǎng)溫度和時間等)每克(每毫升)檢樣所生長出來的細菌菌落總數(shù)。按國家標準方法規(guī)定，即在需氧情況下，37℃培養(yǎng)48h，能在普通營養(yǎng)瓊脂平板上生長的細菌菌落總數(shù)，所以厭氧或微需氧菌、有特殊營養(yǎng)要求的以及非嗜中溫的細菌，由于現(xiàn)有條件不能滿足其生理需求，故難以繁殖生長。因此菌落總數(shù)并不表示實際中的所有細菌總數(shù)，菌落總數(shù)并不能區(qū)分其中細菌的種類，所以有時被稱為雜菌數(shù)，需氧菌數(shù)等。
菌落計數(shù)的注意事項
1、到達規(guī)定培養(yǎng)時間，應立即計數(shù)。如果不能立即計數(shù)，應將平板放置于0-4℃，但不得超過24h。
2、計數(shù)時應選取菌落數(shù)在30-300 CFU之間的平板，若有二個稀釋度均在30-300 CFU之間時，按國家標準方法要求應以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數(shù)，比值大于2則其較小數(shù)字(有的規(guī)定不考慮其比值大小，均以平均數(shù)報告)。
3、若所有稀釋度均不在計數(shù)區(qū)間。如均大于300 CFU，則取最高稀釋度的平均菌落數(shù)乘以稀釋倍數(shù)報告之。如均小于30 CFU，則以至低稀釋度的平均菌落數(shù)乘稀釋倍數(shù)報告之。如菌落數(shù)有的大于300 CFU，有的又小于30 CFU，但均不在30-300 CFU之間，則應以接近300 CFU或30 CFU的平均菌落數(shù)乘以稀釋倍數(shù)報告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應按小于1乘以至低稀釋倍數(shù)報告之。有的規(guī)定對上述幾種情況計算出的菌落數(shù)按估算值報告。
4、不同稀釋度的菌落數(shù)應與稀釋倍數(shù)成反比(同一稀釋度的二個平板的菌落數(shù)應基本接近)，即稀釋倍數(shù)愈高菌落數(shù)愈少，稀釋倍數(shù)愈低菌落數(shù)愈多。如出現(xiàn)逆反現(xiàn)象，則應視為檢驗中的差錯(有的食品有時可能出現(xiàn)逆反現(xiàn)象，如酸性飲料等)，不應作為檢樣計數(shù)報告的依據(jù)。
5、當平板上有鏈狀菌落生長時，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應作為一個菌落計，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應按一個菌落計算，不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數(shù)。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個平板的菌落數(shù)乘2代表全平板的菌落數(shù)。
6、當計數(shù)平板內(nèi)的菌落數(shù)過多(即所有稀釋度均大于300 CFU時)，但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計數(shù)。再乘以相應稀釋倍數(shù)作為該平板的菌落數(shù)。
7、菌落數(shù)的報告，按國家標準方法規(guī)定菌落數(shù)在1-100時，按實有數(shù)字報告，如大于100時，則報告前面兩位有效數(shù)字，第三位數(shù)按四舍五入計算。固體檢樣以克(g)為單位報告，液體檢樣以毫升(ml)為單位報告，表面涂擦則以平方厘米(cm2)報告。
